Sinopsis
Dunia Digital menjadi begitu padat penduduk sehingga super komputer Yggdrasill yang mengatur Dunia Digital tidak bisa lagi menanganinya. Solusinya adalah Project Ark: untuk menghapus sebagian besar penduduk dengan Program X. Yggdrasill memilih persentase yang sangat kecil untuk dipindahkan ke Dunia Digital baru dan kemudian melanjutkan untuk menghancurkan yang lama. Beberapa Digimon yang tidak dipilih tetap bertahan hidup, dan mereka pindah ke dunia baru dengan hadiah langka yang dikenal sebagai X Antibodi; antibodi ini mengubah penampilan mereka dan membuatnya lebih kuat, sementara pada saat yang sama membuat mereka kebal terhadap Program X. Tidak lagi memegang kendali, Yggdrasill menggunakan Royal Knights untuk menghancurkan X-Digimon ini, yang dikucilkan di Dunia Digital baru.